Hiệp định thương mại giữa hai nước được ký kết rất sớm, từ tháng 1 năm 1978 và được thay bằng hiệp định thứ hai ký năm 1995.

Tháng 3/1994, hai nước ký thoả thuận thành lập Uỷ ban hỗn hợp về hợp tác kinh tế, khoa học và kỹ thuật giữa 2 chính phủ. Cho đến nay đã họp được 8 lần. Tại phiên họp lần thứ 4 vào 4-8/11/2005, hai bên dự kiến phấn đấu kim ngạch thương mại hai chiều đạt 2 tỷ USD vào năm 2007. Tại cuộc họp lần thứ 8 của Uỷ ban Hợp tác song phương diễn ra tháng 10 năm 2015, hai bên nhất trí nâng kim ngạch hai chiều lên 3 tỷ USD vào năm 2016.[11]

Việt Nam xuất khẩu nông sản (chủ yếu là gạo), linh kiện điện tử sang Philippines và nhập khẩu từ Philippines phân bón, máy móc thiết bị, phụ tùng, khoáng chất, khí hóa lỏng, xăng dầu, dược phẩm, vật liệu xây dựng.[12]

Hiện nay, doanh nghiệp Philippines đang quan tâm đầu tư tại Việt Nam, chủ yếu vào các ngành công nghệ thực phẩm và đồ uống, cơ sở hạ tầng, bất động sản, cung cấp nước sạch, dược phẩm...[13]

Thương mại song phương giữa Việt Nam và Philippines đạt gần 3 tỉ đô la trong năm 2015, và trong nửa đầu năm nay đã tăng trên 15% so với cùng kỳ năm ngoái. Việt Nam xuất khẩu chủ yếu là nông sản và thực phẩm sang Philippines như gạo, cà phê, tiêu, bánh kẹo, vật liệu xây dựng, và nhập khẩu máy tính, linh kiện điện tử, máy móc thiết bị, phân bón. 2016, khoảng 1.000 sinh viên Việt Nam đang du học tại Philippines, và hàng trăm giảng viên Philippines đang làm việc tại Việt Nam.[14]